今天主要從以上3個方面來闡述要講的內容。
對基因變異的解讀，實際上就是患者表型與基因的linK, 對于解讀人員來說，就是將Call到的一大堆的基因數(shù)據(jù)與患者的的臨床表型很“恰當?shù)摹迸錾蟣ink起來，問題來了，如何很“恰當?shù)摹笔惯@兩者link在一起呢？這就是我們今天要講的這個ACMG解讀標準要做的事情。
2015年，美國分子遺傳協(xié)會（ACMG）協(xié)同全美分子病理協(xié)會（AMP）共同出臺了臨床數(shù)據(jù)解讀與報告的標準指南（2015 ACMG-AMP 《解讀報告標準指南》），這個標準將在很長一段時間內成為全美行業(yè)內的一個金標準。
第一部分 主要介紹下ACMG標準的“出爐”。
今年2月，中國遺傳協(xié)會遺傳咨詢分會在蘇州擬定了《ACMG遺傳變異分類標準中文版專家共識指南》，旨在方便我國 醫(yī)療工作者和遺傳咨詢從業(yè)者 更好地理解ACMG遺傳變異分類標準，中國遺傳學會遺傳咨詢分會聯(lián)合多位遺傳咨詢領域專家共同編譯了《ACMG遺傳變異分類標準中文版》，并已得到ACMG的官方授權，這里注明下《ACMG遺傳變異分類標準中文版》下邊統(tǒng)稱《指南》。
經過了一系列遺傳分子大師的翻譯與修訂，6月25號，中國遺傳學會遺傳咨詢分會正式發(fā)布了中文版的《指南》。
這張片子是中國遺傳協(xié)會遺傳咨詢分會官網上的中英對照版的標準內容。
這張圖左邊是美版的2015《指南》，右圖為6月25號剛發(fā)布的中文版《指南》。
我們這里再來簡單認識下ACMG，ACMG也即美國醫(yī)學遺傳學和基因組學會，由一些臨床、生化、細胞組織、醫(yī)學和分子遺傳學家構成，還有一些是遺傳咨詢和致力于醫(yī)學遺傳學實踐的衛(wèi)生保健專業(yè)人員。這個組織 至今成立已有25年；主要職責就是維護遺傳學、基因組學的行業(yè)相關規(guī)范，還包括臨床上和一些實驗室的操作指南的維護；教育方面（這里主要指醫(yī)學遺傳學家）；還有些具體的基因組的臨床應用等。
第二部分：我將簡單介紹下ACMG《指南》主要內容。
簡而言之，該標準主要內容概括為，28個證據(jù)、5類判型；我們根據(jù)患者的一系列的表型進行證據(jù)分類（分為28種），并根據(jù)搜集的這些分類證據(jù)給出5種判型：已知致病突變、疑似致病突變、已知良性突變、疑似良性突變、臨床意義未明。
第一類為極強的致病證據(jù)(PVS : very strong pathogenicity)，這一類只有一種，即功能缺失型變異，包括一些無義突變、框移突變、±1或±2的剪接突變、起始密碼子突變、單個或多個外顯子缺失的變異。
第二類為強的致病證據(jù)包括以上四種：這里我提前解釋下，同一分類下的1.2.3.4沒有優(yōu)先級別的意義。
第三類為中等致病證據(jù)有以上六種。
第四類為支持的致病證據(jù)有以上四種。
第五類為極強的良性證據(jù)。
第六類為強的良性證據(jù)有以上四種。
第七類為支持的良性證據(jù)有以上七種。
根據(jù)搜集的上述28標準表型證據(jù)，我們將患者的變異給出以下的5種的判型：
已知致病突變(Pathogenic)
疑似致病突變（Likely pathogenic）
已知良性突變(Benign)
疑似良性突變(Likely benign)
臨床意義未名(Uncertain significance)
第三部分我們通過intervar的應用更進一步來認識這個標準。
通過上一部分的介紹，大家應該已經對這個標準有了一些初步認識；但是一一去對這28個分類相對比較麻煩，這個時候，哥倫比亞大學的生信大牛王凱教授給我們送來了intervar，它有兩個版本， web版， pathon版的。
這張就是web版的intervar 的主要界面。王凱教授開發(fā)這款 疾病變異分析解讀工具 InterVar旨在幫助遺傳病數(shù)據(jù)解讀人員 更高效地應用2015版ACMG《指南》的 28條評估標準，能夠對海量變異位點信息 實現(xiàn)半自動化分析，加快遺傳病基因分析和診斷速度。
這張圖是intervar的工作流程：根據(jù)病人的檢測的基因變異信息 自動預測變異的致病性，變異位點信息輸入，軟件對變異初步判讀分類，手動調整必要條件后，得到最終判讀結果。
下面我們用一個案例來演示intervar的使用。
這是我們曾經分析的一例患者，只有9歲，3歲坐滑梯摔下，耳朵出血，顱內也出血，核磁檢測沒有太大問題；而患者哥哥小時候感冒發(fā)燒過多，經常打針，做過肌肉放松手術。最終醫(yī)生給出患者的診斷 為肌無力，疑似SMA；而且MLPA檢測SMN1和SMN2基因變異為陰性。
這張圖是生信分析完的位點信息，我們從中篩選出了ASAH1基因。
然后將基因變異信息輸入intervar的界面；大家看到的這個界面，輸入變異位點信息可以有3種形式，分別為基因組上的位置信息， dbSNP ID或者是 HGNC上基因變異的信息。
這里我們輸入ASAH1的變異信息（這里我想說下，intervar暫時只支持參考基因組為Hg19版本的數(shù)據(jù)信息），然后提交查詢內容。
點擊VUS下方的內容轉入下個界面
這里得到了這樣一個結果，然后手動調節(jié)藍色字部分，對應之前用綠色字體標注過的內容；對，intervar目前是半自動化狀態(tài)，還需手動輸入，也可以理解，這部分與患者表型相關。
最終得到了這樣的結果，ASAH1基因的變異判定為疑似致病，左上角這個部分為系統(tǒng)為我們搜集的致病證據(jù)。
這里補充下，目前只能上傳hg19版本參考基因組數(shù)據(jù)，而hg38版本則需要轉換；如果我們我們有dbSNP ID和HGNC的相關信息也可以直接錄入。
經過sanger測序正確驗證后，我們確定了call到的這個位點，確定了致病基因。
最后，再次和大家認識下標準里的一些建議：
臨床上，基因檢測一定是醫(yī)生的輔助查找病因的手段，幫助醫(yī)療工作者做出個性化的治療決策或用藥選擇的；
由于基因檢測與解讀相對復雜，檢測特別需要相關醫(yī)務工作者和臨床試驗室協(xié)作才能得到最佳的結果。
下節(jié)課將繼續(xù)和大家分享學習癌癥方面的解讀報告標準的內容，將會從癌癥的數(shù)據(jù)庫、變異的分類、以及解讀報告等幾個方面來展開，癌癥的解讀會與今天所講的孟德爾遺傳病有什么不同呢？還請大家下次再次收聽。
這次關于ACMG標準的解讀學習內容到此結束，非常感謝。
現(xiàn)場問答
問題1：什么是復合雜合突變？
答：復合雜合子：在兩條同源染色體的相同基因座上有兩個突變等位基因的雜合基因型稱為復合雜合子
問題2： 如何實現(xiàn)hg19版本的基因組與hg38版本的轉換
答：可以使用UCSC-tool-liftover工具進行轉換，這里我要說的是轉換前的格式一定要正確，生成bam格式呢需要用記事本打開即可。
問題3：癌癥與一般單基因遺傳病的分析策略的差別？
答：癌癥變異多數(shù)是體細胞變異， 和一般遺傳疾病的變異檢測不同， 癌癥變異檢測首先將癌組織和癌旁組織做對照分析， 找出只在癌組織出現(xiàn)的變異。遺傳性的突變只分析一個簡單的樣本，它沒有一個類似癌旁組織的對照，它會參考一些相關健康人群的基因頻率數(shù)據(jù)庫， 或者通過和家系中其他人做比較通過家系分析來找出可能的致病變異
