傳說在四千六百多年以前的上古時期，黃帝的部落（以黃河流域為主）跟蚩尤的部落大戰(zhàn)于涿鹿之野，雙方打了一年多，不分勝負。黃帝苦悶填心，憂心如焚。一天夜里，忽然夢到了九天玄女娘娘。九天玄女娘娘對他說：你要戰(zhàn)勝蚩尤，必須找到九星運轉(zhuǎn)時倒映于地上的奇點和吉門。用背孤?lián)籼撝?，可大獲全勝。九天玄女娘娘在教給他一些秘訣后，便飄然離去。黃帝醒來，馬上將這些秘訣整理成書，就是《奇門遁甲》，又選了一個吉日良辰，修了一個很大的高臺，于臺上致祭，正式啟用“奇門遁甲”。祭祀完后，黃帝就用“奇門遁甲”之方法，對蚩尤進行全面反攻。交戰(zhàn)中蚩尤作法興起了漫天大霧，企圖利用大霧的幫助來消滅黃帝。而黃帝在“奇門遁甲”的指導(dǎo)下，馬上辨清了方向，又用背孤?lián)籼撝?，從生門打向死門一舉戰(zhàn)勝蚩尤。
此后黃帝把“奇門遁甲”視為至寶，為了長久保存，便命風(fēng)后把它刻到甲骨上。這風(fēng)后也是知天文，曉地理，通算術(shù)，明陰陽的行家。她在太極生兩儀，兩儀生四象（春、夏、秋、冬）的啟發(fā)下，將黃帝的一時一局改為了四時一局。她用四個時辰來象征一年中的四個季節(jié)，把四千三百二十局，刪成了一千零八十局。一千零八十局中，又分為陽遁五百四十局和陰遁五百四十局。這就是“奇門遁甲”歷史上的第一次改革。
到了商朝末年，有一個叫姜子牙的人于昆侖山上學(xué)得此術(shù)，下山后看到商朝天子紂王無道，涂炭生靈，殘害百姓，人民生活在水深火熱之中，而周室興隆之氣漸現(xiàn)，于是就用“奇門遁甲”去輔佐周室武王。他運用星門變換、踏罡步斗和神遁法門（九天、丙、生門）等方法，幻化時空，改死為生，從而達到了推翻商朝建立周朝的目的。姜子牙在“奇門遁甲”的運用中，覺得一千零八十局還太繁鎖，于是又把它跟一年中的七十二侯聯(lián)系起來，改一千零八十局為七十二局，這就是“奇門遁甲”歷史上的第二次改革。
到了秦朝末年，一個叫張良的青年人，有一次經(jīng)過下邳的圯上，遇一老者坐于其上，而鞋子卻掉到橋下去了，老者很不禮貌的對張良說：“小子，快給我把鞋子撿起來！”張良待要發(fā)怒，見是一老者，只得把怒氣忍了下去，怏怏地走到橋下幫老人撿起了鞋。老者又傲慢地對他說：“穿上！”張良再一次強忍著不平之氣為其穿上。老者起身揚長而去，但去不數(shù)步，卻又折轉(zhuǎn)身來對張良說：“后五日平明在此等我?！蔽迦蘸蟮钠矫鲝埩稼s到約會地點，老者已先到了。老者見張良晚于他，非常生氣地說：“與老人約會，為什么滯后？五日后再會?！蔽迦蘸箅u尚未鳴，張良便來到了約會地點，可老者又先到了。老者再次生氣地說：“這一次又晚于我，為什么？后五日再會！”這次還沒到半夜，張良就趕到了約會地點。老者也隨之趕到，并從懷中取出一本書來送給張良說：“讀了此書，可以作帝王之師；可以幫助有帝王氣慨的人建立新的朝代……”這本書就是“奇門遁甲”。
張良憑著自己的刻苦精神和聰明才智，很快就把“奇門遁甲”的原理弄通了。他感到“奇門遁甲”局數(shù)雖多，卻跳不出洛書九宮之數(shù)，因此也對“奇門遁甲”進行了一次刪改。他把姜子牙的七十二局減到了十八局，在十八局中再分陰九局和陽九局，使“奇門遁甲”的布局更為精當，這就是“奇門遁甲”歷史上的第三次改革。張良后來在幫助漢高祖劉邦推翻秦朝、平定諸候、戰(zhàn)勝項羽的過程中，最常用的就是天遁、地遁和三奇并進之方法。
三國時，曹操率百萬大軍攻打東吳，雙方戰(zhàn)艦分列于長江兩岸。東吳大將軍周瑜想用“火”來攻克對方，而用火攻就必須要有東南風(fēng)，隆冬之時，又哪里有東南風(fēng)呢？因此周瑜憂慮成疾一病不起。諸葛亮前來探病，對周瑜說：“亮雖不才，曾遇異人，傳授奇門遁甲天書，可以呼風(fēng)喚雨。都督若要東南風(fēng)時，可于南屏山建一臺，名曰七星壇……?！敝荑ぢ犕觌S即病好，火速于南屏山上建起一臺。此臺高九尺，作三層。諸葛亮用一百二十名士兵守護，于臺上按二十八宿的方位屬性樹起青、紅、白、黑二十八面旌旗，又布以八門、八卦、九星，然后踏罡步斗，仗劍念咒，趨使六丁六甲，終于幫周瑜借來了東南大風(fēng)，使其順利的戰(zhàn)勝了曹操的百萬雄兵……。諸葛亮一生貫用“奇門遁甲”，到死之時還想用“奇門遁甲”借壽，不料被魏延撞翻了七星燈而未成。
中國的先人用“奇門遁甲”建邦立國的例子太多了，如：唐朝的徐茂公，明朝的劉伯溫等等…… 都是用“奇門遁甲”來行兵打仗奪取江山的，所以“奇門遁甲”倍受帝王喜愛，并珍藏而暗習(xí)之，“奇門遁甲”也因此被稱作帝王之學(xué)。
在中國幾千年的歷史長河中，“奇門遁甲”術(shù)在選擇傳人時非常地慎重和嚴謹，一般是單傳和秘傳。有的師傅把此書藏于山洞之中，待百年后的有緣人得而習(xí)之。社會上流傳的“奇門遁甲”訛本較多，真本難得，少數(shù)真本也是錯誤百出，使學(xué)者難登堂奧，只得望洋興嘆！
“奇門遁甲”開始主要用于行兵打仗，即如何布奇門以打敗敵軍；如何在遇到強大不可抵抗的敵軍時，隱遁保全自己的部隊；如何呼風(fēng)喚雨為我所用；如何對世間的事物進行預(yù)測……
解放戰(zhàn)爭初期，閻錫山的部隊大舉進攻延安，毛澤東只好帶著他的中央機關(guān)轉(zhuǎn)移（逃跑）。當毛澤東跑到一個歧路口時，便指揮部隊走東邊的一條路，并于路邊立了一塊：“毛澤東由此向東”的牌子，看到牌子，追上來的敵兵一下子不知所措了，毛澤東也就順利地擺脫了敵人的追擊。后來聽人們說，毛澤東身邊有懂“奇門遁甲”的人。毛澤東所走的那條路，剛好上臨丙奇與九天，下臨生門，時間、空間的交匯形成了一個盲點。在盲點上人們?nèi)菀桩a(chǎn)生視而不見之狀況，好象大腦思維突然停滯了一樣。
“奇門遁甲”以九星二十八宿的運轉(zhuǎn)來體現(xiàn)時間場和空間場的變換及其相互之間的關(guān)系與規(guī)律。它以八卦來體現(xiàn)空間場的作用；以八門來體現(xiàn)人事的代謝和社會的變遷；以八神來體現(xiàn)虛性波狀（虛子）世界的神秘物質(zhì)的力量和價值?？偟膩碚f，它是以天盤來模擬天道；地盤來模擬地道；人盤來模擬人道；神盤來模擬神道；它是中國古代圣人對宇宙運動變化的模擬圖。
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