在這些少數(shù)民族當(dāng)中，以漠北喀爾喀蒙古、漠南、察哈爾蒙古、漠西厄魯特蒙古三大部最為強(qiáng)悍，這是元朝覆亡后殘留的力量，他們依然擁有強(qiáng)悍的騎兵，以及重建統(tǒng)一汗國的夢想。公元1636年，漠南蒙古十六部四十九位王公齊聚盛京沈陽，尊奉皇太極為蒙古可汗，并奉上博格達(dá)徹辰汗尊號，此后，在逐鹿中原和統(tǒng)一全國的進(jìn)程中，蒙古都發(fā)揮了重要作用。公元1638年之后，喀爾喀還開始向清進(jìn)九白之貢，即一只白駝，八匹白馬，喀爾喀也在名義上成為清廷的臣屬，然而蒙古部落各有自己的游牧范圍。由于對牧地、部眾，尤其是全蒙古汗位的爭奪，各部內(nèi)部或彼此之間經(jīng)常會發(fā)生摩擦，甚至攻掠。
擺在康熙面前的強(qiáng)敵，就是厄魯特蒙古的首領(lǐng)噶爾丹，噶爾丹嫻熟弓嗎，長于謀略，是一個(gè)很有野心的人，他夢想成為蒙古的霸主，所以，當(dāng)他掌握了準(zhǔn)噶爾部統(tǒng)御權(quán)后，很快就對厄魯特中部，及鄰近的的蒙古部落發(fā)起一系列兼并和掠奪戰(zhàn)爭。遠(yuǎn)交就是噶爾丹給清廷進(jìn)貢，以利于他對漠西蒙古各部的統(tǒng)一，入主中原之初，清廷將主要精力放在摧毀李自成、張獻(xiàn)忠的農(nóng)民軍以及南明政權(quán)上。進(jìn)入康熙初年，清廷忙于平息以吳三桂為首的三藩叛亂，已經(jīng)沒有力量去控制西部邊疆，因此在很長一段時(shí)間，對蒙古諸部和西藏地區(qū)采取安撫、懷柔政策，噶爾丹也借此機(jī)會發(fā)展壯大起來。
就在1680年，也就是康熙19年，已經(jīng)占有天山北麓的噶爾丹派遣12萬騎兵，進(jìn)入今新疆喀什一帶，控制了南疆，接下來，噶爾丹又開始了東進(jìn)計(jì)劃，將進(jìn)一步控制青海的和碩特部蒙古和喀爾喀蒙古，這一計(jì)劃，實(shí)際上是和清廷爭奪對這些地區(qū)的控制權(quán)。噶爾丹的擴(kuò)張，逼迫戰(zhàn)敗的厄魯特蒙古部落，由西向東涌進(jìn)青海、甘肅，深受其害的喀爾喀蒙古由北向南，逼近長城，威脅京師。此外，令康熙帝夜不能寐的是，噶爾丹為了達(dá)到自己的目的，與沙俄形成聯(lián)合，這對正在維護(hù)疆域完整的康熙帝來說，造成了極大的被動。
第一次擊敗清軍的噶爾丹向康熙帝提出，圣上君南方，我掌北方，顯然要與清廷分庭抗禮，獨(dú)霸蒙古，氣勢正盛的噶爾丹乘勝長驅(qū)而入，逾過呼倫貝爾草原南下，直抵距離京師僅僅350公里遠(yuǎn)的烏蘭布通。公元1690康熙出征，遺憾的是，途中因?yàn)榛疾∮址祷乇本?00多年前，康熙帝以20萬大軍與葛爾丹在這里展開大戰(zhàn)，史稱烏蘭布通之戰(zhàn)。清軍是利用他們的大炮進(jìn)行轟擊，對準(zhǔn)噶爾的軍隊(duì)造成了有效的殺傷。盡管清軍沒能再烏蘭布通剿滅噶爾丹，但是送到噶爾丹威脅的喀爾喀蒙古正式歸附了清廷。
公元1696年2月30日，康熙帝率京師八旗兵及火器營共三萬余人開向草原，按照康熙的計(jì)策，清軍將噶爾丹誘至昭莫多，就是今天蒙古國烏蘭巴托附近。這是反映清軍后勤保障的《北征督運(yùn)圖》，噶爾丹據(jù)守山頭，康熙要求清軍將領(lǐng)費(fèi)楊古率軍下馬步戰(zhàn)，集中火力猛攻山頭。最后噶爾丹大敗，清軍在月色下追殺三十余里，他的妻子阿奴被斬，噶爾丹自己帶領(lǐng)二十等騎兵逃入大漠。這次戰(zhàn)役歷時(shí)98天，歷史上稱為昭莫多之戰(zhàn)，經(jīng)過這一戰(zhàn)，噶爾丹軍的有生力量被消滅殆盡。
公元1697年2月，康熙帝第三次率軍親自征，決心徹底消滅噶爾丹割據(jù)勢力，在早春凜冽的寒風(fēng)中，康熙率領(lǐng)大軍一路到達(dá)了今天蒙古國境內(nèi)的克魯倫河北岸的托諾山?？滴跞隄?月13日，噶爾丹亡身與草原深處的阿察阿穆塔臺。清廷平定噶爾丹，在統(tǒng)一西北和北部邊疆進(jìn)程中，邁出了重要的一步。
西藏，一片遙遠(yuǎn)而神秘的雪域高原，西藏舊稱吐蕃，康熙末年時(shí)改稱今名，在元朝已經(jīng)歸附中央管轄，并賜予喇嘛對于吐蕃的統(tǒng)治權(quán)。康熙55年，也就是公元1716年，一只強(qiáng)悍的騎兵向這片雪域高原奔來，這支部隊(duì)的首領(lǐng)叫策妄阿拉布坦，他是準(zhǔn)噶爾部新的首領(lǐng)，策妄阿拉布坦趁青藏各派勢力沖突，企圖控制青藏地區(qū)，悍然發(fā)動了對西藏的武力征服。
公元1718年5月，康熙帝派侍衛(wèi)色楞入藏平叛，色楞侍勇輕進(jìn)，結(jié)果中了埋伏全軍覆沒，色楞被俘后慘遭殺害。兩年后，康熙皇帝派皇14子胤禎率軍挺近青海，直取西藏，拉薩的藏民歡迎大軍到來，還他演奏起了樂器，清軍將準(zhǔn)噶爾軍清除出西藏，還從青海請回真五世達(dá)賴洛桑加措，并舉行了隆重的坐床典禮。隨后，清廷在西藏拉薩設(shè)置噶倫，并派四千軍隊(duì)留駐拉薩，維護(hù)治安。
