楊巨奎1933年10月出生于太谷縣北洸鄉(xiāng)西山底村一個中醫(yī)世家，13歲拜師學藝，是山西四大名醫(yī)之一、華北婦科大王韓玉輝先生的開門弟子，曾任美國南加州大學藥學博士、客座教授。

建國后，他任太原市醫(yī)藥工會主席兼青年團書記。1953年1月，奉命回太谷，組織公私合營試點工作。1955年，主持完成廣升譽、廣升遠、廣源興、頤圣堂等藥店企業(yè)的“公私”合營，成立山西中藥廠，任辦公室主任兼工會主席，并擔任太谷醫(yī)藥工會主席。1955年，加入中國共產(chǎn)黨。在幾十年的革命生涯中，他為我國傳統(tǒng)中醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展作出了卓越的貢獻。

1970年3月，任山西中藥廠黨總支副書記、革命委員會副主任。1973年任黨總支書記、廠長兼總工程師。在任職的27 年中，致力于中藥產(chǎn)品的研發(fā)，由原來的 23 種發(fā)展到 146 種。其中：龜齡集、定坤丹、安宮牛黃丸、牛黃清心丸等 5 種中成藥被評為國家優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品，龜齡集、定坤丹先后獲得國家銀質(zhì)獎，金質(zhì)獎，定坤丹被聯(lián)合國第四次婦女大會指定為唯一婦女保健治療藥品，龜齡集被評為世界十大傳統(tǒng)名藥之一。他將傳統(tǒng)龜齡集膠囊研發(fā)成酒劑，并興建了龜齡集酒廠。在他的帶領(lǐng)下，山西中藥廠成為全國 500 強醫(yī)藥企業(yè)，山西省骨干企業(yè)。

楊巨奎曾對龜齡集傳統(tǒng)爐鼎升煉工藝進行改革，將一個小手工作坊發(fā)展為中國國家重點中藥廠，產(chǎn)品由初期的23種，發(fā)展到146種，龜齡集、定坤丹等中成藥被評為國家優(yōu)質(zhì)產(chǎn)品，龜齡集被評為世界十大傳統(tǒng)名藥之一。

為傳承、發(fā)揚中醫(yī)藥文化，楊巨奎曾邀中國各地名中醫(yī)，研究中藥方劑，并搶救、發(fā)掘名老中醫(yī)藥秘方絕招百余個，著有《中國中成藥處方集》《中國中藥炮制技術(shù)匯編》等。