大家好,我是飛哥。
R語言和plink軟件都是常用的軟件,隨著對軟件的熟悉,就不用自己寫代碼了,直接改代碼了,既然改代碼,就在一個環(huán)境下運(yùn)行就行了,不想來回切換R和Bash。問題來了:如何在R語言中運(yùn)行plink軟件。
Linux系統(tǒng)下,將plink放到bin文件夾下,直接調(diào)用就行,用R語言的system直接調(diào)用就行。
Windows系統(tǒng)下,需要一些設(shè)置,今天介紹一下。
1,下載plink軟件
2,下載R語言
3,將plink.exe文件,放到R語言的bin文件夾下
4,將R語言的路徑放到環(huán)境變量中
然后就可以在R中調(diào)用plink軟件了,而且代碼放到Linux系統(tǒng)下,也可以直接運(yùn)行,豈一個爽字了得!
1,下載plink軟件
網(wǎng)址:https://www.cog-genomics.org/plink/
然后解壓,進(jìn)入文件夾,找到plink.exe文件。
2,下載安裝R語言
網(wǎng)址:https://cran.r-project.org/bin/windows/base/
3,將plink文件放到R中的bin文件夾
默認(rèn)的安裝路徑是:C:\Program Files\R\R-4.1.2\bin\x64
將plink.exe文件,放到這里:
4,將R路徑放到環(huán)境變量里面
找到我的電腦,右鍵,屬性:
找到系統(tǒng)信息,高級系統(tǒng)設(shè)置:
找到環(huán)境變量
找到Path,雙擊進(jìn)入,點(diǎn)擊新建,將R中的bin路徑放進(jìn)去:
C:\Program Files\R\R-4.1.2\bin\x64
點(diǎn)擊確定即可。
5,測試是否成功
打開Rstudio,新建一個R腳本:
# test plink
system("plink")
運(yùn)行:
搞定!
分割線
大家好,我是鄧飛,一個持續(xù)分享的數(shù)據(jù)分析師,這里我將自己公眾號的干貨內(nèi)容挑重點(diǎn)羅列一下,方便大家閱讀和使用。
5,書籍及配套代碼領(lǐng)取--統(tǒng)計(jì)遺傳分析導(dǎo)論
6,統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué):第一章,基因組基礎(chǔ)概念
7,統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué):第二章,統(tǒng)計(jì)分析概念
8,統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué):第三章,群體遺傳
9,統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué):第四章,GWAS分析
10,統(tǒng)計(jì)遺傳學(xué):第五章,多基因得分(PGS)分析