書(shū)接上回。
上回講了啥？請(qǐng)看 如果導(dǎo)師丟給你一個(gè)基因讓你去研究，不妨試一下這兩個(gè)五分的套路（上）
今天要講的是一篇發(fā)表于Frontiers in Immunology的文章，影響因子 5.511
標(biāo)題：LAYN Is a Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Infiltrates in Gastric and Colon Cancers.
我們簡(jiǎn)單看一下key words：LAYN/Biomarker/Immune Infiltrates
大概講什么，心里有數(shù)了吧，這是一篇LAYN作為預(yù)后生物標(biāo)志物在胃癌和結(jié)直腸癌中與免疫浸潤(rùn)關(guān)系分析的文章。
主要分析步驟如下：
1.首先利用Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)分析LAYN基因在各個(gè)腫瘤中的表達(dá)差異情況，我們發(fā)現(xiàn)在乳腺癌，結(jié)腸直腸癌，胃癌，腎癌，胰腺癌和淋巴瘤腫瘤中的LAYN表達(dá)更高，在膀胱癌，乳腺癌，結(jié)腸直腸癌，頭頸癌，肺癌，卵巢癌和前列腺癌中觀察到較低的表達(dá)，進(jìn)一步的利用TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的RNAseq數(shù)據(jù)分析驗(yàn)證了一遍，也觀察到類似的現(xiàn)象。
2.再看一下LAYN基因與預(yù)后的關(guān)系，我們利用PrognoScan、GEPIA等在線工具分別分析了LAYN在各個(gè)腫瘤中的預(yù)后差異，我們發(fā)現(xiàn)LAYN表達(dá)顯著影響5種癌癥的預(yù)后，包括結(jié)腸直腸癌，乳腺癌，眼癌、卵巢癌和胃癌。
3.我們具體的分析了一下胃癌樣本中LAYN基因表達(dá)與臨床特征的關(guān)系，我們發(fā)現(xiàn)LAYN的過(guò)度表達(dá)與男性和女性患者的OS和PFS惡化以及兩種Lauren分類和分化相關(guān)（P <0.05），高LAYN表達(dá)在四個(gè)淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移類別中具有最高的OS N和PFS的N 1值。這些結(jié)果表明LAYN表達(dá)水平可影響胃癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移患者的預(yù)后。
4.腫瘤浸潤(rùn)性淋巴細(xì)胞是在癌癥前哨淋巴結(jié)狀態(tài)和存活的獨(dú)立預(yù)測(cè)因子，我們研究了LAYN表達(dá)是否與不同類型癌癥中的免疫浸潤(rùn)水平相關(guān)，首先我們從TIMER數(shù)據(jù)庫(kù)下載了39種癌癥的六種免疫浸潤(rùn)細(xì)胞的得分?jǐn)?shù)據(jù)，分別分析了LAYN表達(dá)與這些免疫細(xì)胞得分的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)在CODA和STAD中，LAYN表達(dá)水平與CD8+ T cells 、CD4+ T cells、macrophages 、neutrophils和DCs 有顯著正相關(guān)。
5.既然在CODA和STAD中LAYN表達(dá)于免疫細(xì)胞這么相關(guān)，我們便找來(lái)一些其他已報(bào)到的免疫浸潤(rùn)相關(guān)的基因集，看看這些基因集與LAYN的相關(guān)性，結(jié)果顯示LAYN表達(dá)水平與各種免疫細(xì)胞和COAD和STAD中不同T細(xì)胞的大多數(shù)免疫標(biāo)記物組顯著相關(guān)。
到這里就結(jié)束了，相信這兩個(gè)方法，加上我們之前解讀的一些方案，一定能讓你在單基因研究上有所感悟....(下面還有精彩內(nèi)容)
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