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          所有細(xì)胞生物最近的共同祖先如何生活?
          Robert F. Service 發(fā)表于  2016-07-30 21:04

          (Paradoxian/譯)在地球上擦亮出第一絲生命火花的化學(xué)反應(yīng)鏈恐怕會(huì)永遠(yuǎn)湮沒在時(shí)間的長河里。但一些我們最原始的祖先——包括隨后衍生出一切細(xì)胞生命的“微生物夏娃”——在傳給后代的基因中留下了些許痕跡。為了追蹤這些基因,遺傳學(xué)家們審視了近2000份現(xiàn)代微生物的基因組。近日,研究者們報(bào)告稱,通過這樣的基因組挖掘,他們對我們的最近普適共同祖先(last universal common ancestor, LUCA)的日常生活有了新的了解。結(jié)果表明,LUCA可能生活在無氧環(huán)境中的喜熱微生物,并且依賴氫氣為生。這有力地支持了先前的假說:地球生命起源于類似海底火山周圍的那些深海熱泉。

          今天,地球上所有的細(xì)胞生物可以分成三大類:細(xì)菌,古菌和真核生物。前兩種是原核生物,也即沒有細(xì)胞核的細(xì)胞生物。這兩種關(guān)系甚遠(yuǎn)的原核生物之間一場聯(lián)姻產(chǎn)生了真核生物——這些具有細(xì)胞核的細(xì)胞們構(gòu)成了包括動(dòng)植物在內(nèi)所有復(fù)雜的多細(xì)胞生命體。

          細(xì)菌,古菌,和真核生物最早的共同祖先,被稱為“LUCA”,即最近普適共同祖先。圖片來源:參考文獻(xiàn)[1]

          目前為止的遺傳學(xué)研究發(fā)現(xiàn)了有關(guān)LUCA的一些十分誘人的線索。大部分證據(jù)都暗示,就LUCA和現(xiàn)代細(xì)胞一樣,也用DNA儲(chǔ)存遺傳信息。同樣被后代沿用的還有制造蛋白質(zhì)和使用ATP作為“能量貨幣”。但遺傳學(xué)家們在搜尋關(guān)于LUCA生活方式的其他細(xì)節(jié)上就略為吃力了。一個(gè)主要的難點(diǎn)在于,微生物不僅把基因傳遞給后代,還會(huì)和“街坊領(lǐng)居”們互換一些片段;這一過程叫做基因水平轉(zhuǎn)移。那么如果兩株不同的微生物共有同一個(gè)基因,到底是因?yàn)樗鼈冇泄餐淖嫦?,還是因?yàn)橛行┘一锔瞄L散播自己的遺傳片段?這兩種情境很難分辨,為窺探LUCA的生活方式增加了不少難度。

          為了做到這點(diǎn),德國杜塞爾多夫大學(xué)的進(jìn)化生物學(xué)家威廉·馬丁(William Martin)帶領(lǐng)的團(tuán)隊(duì)采用了一種更嚴(yán)謹(jǐn)?shù)姆绞絹矸治瞿切┛赡芸v向遺傳的基因。與以往不同的是,他們沒有只關(guān)注單獨(dú)一種細(xì)菌和一種古菌間共享的基因,而是搜尋了至少兩種細(xì)菌和兩種古菌所共有的基因。最初的這步讓他們找到了約600萬個(gè)基因,這些基因能歸入多于28.6萬個(gè)基因家族。進(jìn)一步的分析表明,如此多基因家族中,只有355個(gè)廣泛分布在所有現(xiàn)代生物中,并進(jìn)而能被追溯回一個(gè)所有生命的共同祖先。這355個(gè)基因家族成為了解密LUCA的備選軍。

          在這周的《自然·微生物》期刊上,馬丁和他的同事們報(bào)道了他們的發(fā)現(xiàn)。這355個(gè)基因家族并沒有隨機(jī)散布在現(xiàn)生的所有物種中。相反,它們匯集在了一個(gè)特殊的類群中——這個(gè)類群的代謝特點(diǎn)也許便是LUCA的遺風(fēng)。最值得一提的是,他們發(fā)現(xiàn)LUCA是厭氧的,生活在和氧氣隔絕的地方——這與大部分現(xiàn)今生活的細(xì)胞們都不同。這一發(fā)現(xiàn)與科學(xué)家們所知的40億年前的地球環(huán)境不謀而合。這段時(shí)期又稱作后期重轟炸期(late heavy bombardment period),地球剛形成不久,隕石和彗星還在不斷下落,原始海洋周期性的被蒸發(fā)殆盡,大氣中也缺乏氧氣。對這批基因的進(jìn)一步審視還表明,LUCA幾乎肯定是個(gè)賴氫氣為生的嗜熱生物,就和先前研究所假設(shè)的一樣。盡管如今有許多微生物都能生產(chǎn)氫氣,但因?yàn)長UCA的出現(xiàn)早于它們,后者就必須貼近能產(chǎn)生氫氣的地質(zhì)結(jié)構(gòu),而海底火山附近的深海熱泉就是這樣的地方。


          大西洋“迷失之城”中的堿性深海熱泉。圖片來源:lostcity.washington.edu

          加州大學(xué)洛杉磯分校的進(jìn)化生物學(xué)家詹姆斯·萊克(James Lake)稱這一新研究“令人矚目”,“往前邁了重要一步”。萊克還說,LUCA的生活方式和現(xiàn)代的兩類微生物類似:梭菌屬(Clostridium)的厭氧細(xì)菌,和依賴氫氣的產(chǎn)甲烷古菌。所以盡管LUCA早已仙逝,與它最為鄰近的親戚們也許仍和我們一起生存在這地球上。

          (編輯:Calo)

          參考文獻(xiàn):

          1. Weiss, Madeline C., et al. "The physiology and habitat of the last universal common ancestor." Nature Microbiology 1 (2016): 16116.

          文章題圖:Weiss, Madeline C., et al.

          編譯來源

          Our last common ancestor inhaled hydrogen from underwater volcanoes. Science news
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