為了征討噶爾丹，康熙可以說拼盡了全力。1690年，康熙兩路出兵，左路由撫遠(yuǎn)大將軍福全帶隊，出古北口；右路由安北大將軍常寧帶隊，出喜峰口。康熙則坐鎮(zhèn)后方，并命索額圖帶兵包抄噶爾丹的側(cè)后方；最后還預(yù)備一支奇兵，隨時可以攻打噶爾丹。
福全的左路軍到了達(dá)烏蘭布通附近，為了爭取最低成本解決戰(zhàn)斗，福全給噶爾丹寫了一封信，要求談判。福全認(rèn)為清軍全力出動，在力量上足矣震懾噶爾丹。
噶爾丹則利用機(jī)會敷衍，一邊拖延決戰(zhàn)時間，一邊整軍備戰(zhàn)。等準(zhǔn)備充足后，噶爾丹則要求朝廷將土謝圖汗交出來才行?？滴醯弥翣柕さ囊?，知道他沒有誠意，就下定決心武力解決。
然而，就在此時，康熙大病不起。臣子請求康熙回京城調(diào)養(yǎng)，康熙拒絕，為了這一天的決戰(zhàn)，他已經(jīng)等了很多年。噶爾丹出兵千里之外，又是客場作戰(zhàn)，糧草與后援都難以為繼，正是清廷的大好時機(jī)。
8月1日，雙方的戰(zhàn)斗打響。
噶爾丹的中軍大本營在一個山峰的頂上，居高臨下，前方地勢復(fù)雜，沼澤、河流、叢林、草原盡收眼底。在這種復(fù)雜的地形條件下，噶爾丹排出一個奇怪的戰(zhàn)陣，將無數(shù)駱駝趴在地上形成一座“駱駝城”，駱駝的四條腿被綁住不能動，只能趴著。駱駝身上放著一個木箱，箱子上面蒙著一層濕毛毯。噶爾丹的部隊透過木箱之間的空隙朝著河對面的清軍開火。
清軍從未見過這種陣法，剛開始很疑惑，但很快就知道噶爾丹的目的，想通過“駱駝城”阻擋清軍渡河而已。但噶爾丹可能沒意識到，他用的是火槍射擊，而清軍用的是大炮?！榜橊劤恰焙芸炀统霈F(xiàn)缺口，清軍迅速殺了過去。福全又派兵從后方夾擊，噶爾丹很快就潰敗，士兵紛紛丟盔棄甲。
第二天，噶爾丹見大事不妙，派了一個西藏人僧人向清軍求和?？滴醪辉谇熬€，所有事情由福全拍板。福全看見來了一個西藏人，覺得事情變復(fù)雜了，擔(dān)心出狀況，于是，他一邊停止進(jìn)攻，一邊派人向康熙請旨?？滴蹙o急命令：“全軍全力出擊，別中了噶爾丹的緩兵之計！”
果然，噶爾丹的求和只是為了拖延時間，等清軍接到康熙指示時，噶爾丹已經(jīng)率兵逃往漠北，康熙為此次坐失良機(jī)而痛心疾首，重責(zé)了福全等人。
噶爾丹在烏蘭布通與清軍交戰(zhàn)時，當(dāng)初被其迫害的侄子策旺阿拉布坦代兵攻陷他的老巢，搶走了他的妻子、子女以及大量牛羊。
康熙得知此消息后，立刻派人去吐魯番，賞賜許多金銀珠寶給策妄阿拉布坦，以此來籠絡(luò)他，相當(dāng)于在噶爾丹的后方插入一顆釘子?？滴跤滞渌渌晒挪柯涞氖最I(lǐng)見面，對他們恩威并施，要求他們疏遠(yuǎn)噶爾丹。
在勢單力薄的情況下，噶爾丹依舊不知好歹，回到漠北后表面臣服康熙，暗地里重振軍備；派了兩千多人到清軍大營，以進(jìn)貢為幌子，實際上是打探軍情。
1694年，康熙召見噶爾丹，要求定立盟約。噶爾丹不僅不來，還暗中到漠南制造叛亂，還號稱從俄國借兵六萬，準(zhǔn)備大舉進(jìn)攻，蒙古各部紛紛向康熙求援。
噶爾丹還厚顏無恥地寫了一封信給康熙，要求康熙釋放俘虜?？滴鯊氐着?，說到“噶爾丹一日不滅，邊陲一日不寧”，準(zhǔn)備徹底鏟除噶爾丹。
1696年，康熙準(zhǔn)備再度出擊噶爾丹，他調(diào)動十萬大軍，分東、中、西三路進(jìn)軍。行軍途中，康熙事無巨細(xì)，所有事情都要聽他指示。
康熙親自帶領(lǐng)的中路軍到了科圖，遇到噶爾丹的前鋒部隊，但東、西兩路還未到達(dá)，這時有人傳言俄國要出兵協(xié)助噶爾丹。佟國維、索額圖等人勸說康熙班師回朝，只留西路軍?？滴鯇τ谶@種膽怯大臣嚴(yán)厲呵斥，為了統(tǒng)一思想還召開會議，警告臣子不要膽怯，有說退兵者殺無赦。
噶爾丹看到康熙來勢洶洶，立刻帶隊逃跑?？滴趼牭礁翣柕ぬ优艿南?，命令內(nèi)大臣馬思哈為平北大將軍，率輕騎兵飛速追擊，又命令費揚古率兵截斷噶爾丹退路。
噶爾丹逃了五天五夜，到了昭莫多，遇到費揚古的大軍。昭莫多是一片森林，前面是開闊地帶，歷來都是漠北戰(zhàn)場。費揚古按康熙的指示，事先已經(jīng)在樹林設(shè)下埋伏，然后派出小股部隊誘敵，邊戰(zhàn)邊退，將其引入埋伏圈。等噶爾丹的部隊一到，費揚古全力開戰(zhàn)。最后，噶爾丹中計大敗，帶著幾十名士兵落荒而逃。
昭莫多之戰(zhàn)，全殲噶爾丹精銳，是大清平定噶爾丹的關(guān)鍵性戰(zhàn)役。經(jīng)過兩次大的征戰(zhàn)，噶爾丹集團(tuán)基本上成了強(qiáng)弩之末，康熙讓噶爾丹投降，但噶爾丹寧死不降。
噶爾丹精銳盡失，財產(chǎn)牲畜也所剩無幾，他在伊犁的根據(jù)地也被策妄阿拉布坦占據(jù)，阿爾泰西部、天山以南的回部等地，也紛紛脫離他的控制。
隨著噶爾丹的處境越來越困難，他的內(nèi)部也逐漸開始分化，許多人都主張投降清朝。眼看跟著噶爾丹沒出路，逐漸有人主動投降。康熙優(yōu)待投降部落，對分化噶爾丹集團(tuán)，起到很大作用。
為了根除噶爾丹的叛亂，康熙前往歸化城，召費揚古等人策劃第三次征討，同時命令策妄阿拉布坦與其他蒙古諸部去做勸降工作。此時的噶爾丹已經(jīng)眾叛親離，身邊只剩下幾個隨從，聽到清軍殺過來了，自知回天乏力，絕望自殺?？滴踅?jīng)過多次圍剿，終于徹底解決了噶爾丹的問題。
噶爾丹再怎么強(qiáng)大，他也僅僅是局部氣候，戰(zhàn)爭需要的人、財、物，他都消耗不起。第一次兵敗后，噶爾丹已經(jīng)窮困潦倒，只能靠掠奪，但收貨不大，副作用卻不小。
而康熙就不一樣了，人力、財力、物力都能源源不斷地供應(yīng)，武器裝備也更加先進(jìn)，這都不是噶爾丹所能比擬的?？滴跗蕉ǜ翣柕ぃ琼槕?yīng)歷史發(fā)展潮流的事，在人心向背上更有合法性。
康熙不僅用軍事手段打擊，在政略上也多方出擊，拉攏蒙古各部，分化噶爾丹內(nèi)部，讓噶爾丹最后四面楚歌。
秋媚說：在統(tǒng)一的趨勢面前，噶爾丹任何的分裂行為，無異于飛蛾撲火；俄國對其支持，是建立在利益互換的基礎(chǔ)之上，一旦他實力不濟(jì)，會立刻人走茶涼；戰(zhàn)爭是不僅是軍事較量，而是一場綜合實力的對抗，噶爾丹看著強(qiáng)大，實際上是外強(qiáng)中干，經(jīng)不起長時間的折騰。
