三元九運(yùn)源自天文。中國古人通過長期觀測發(fā)現(xiàn)，當(dāng)月亮與太陽系的幾個(gè)行星較集中地出現(xiàn)于天空中某個(gè)區(qū)域時(shí)，地球上與之相對(duì)應(yīng)的區(qū)域的天氣就會(huì)出現(xiàn)較平常更為劇烈的變化。還有，月亮在周地運(yùn)動(dòng)時(shí)過與地球形成的升降交點(diǎn)時(shí)，其交點(diǎn)對(duì)應(yīng)的區(qū)域往往也有同樣的現(xiàn)象。還有，當(dāng)土星與木星相會(huì)而處于一條直線時(shí)，地球上往往會(huì)發(fā)生一些重大的地質(zhì)災(zāi)難和自然災(zāi)難，人們的行為也會(huì)出現(xiàn)某種明顯的異常反應(yīng)。再有，每當(dāng)太陽系的九大行星同處于太陽的一側(cè)而分布在一個(gè)小的扇面內(nèi)而形成“九星連珠”時(shí)，地球上也會(huì)有同樣的現(xiàn)象。

所以把握星星們的出沒規(guī)律非常重要。為此，中國古人創(chuàng)制了一套獨(dú)特的坐標(biāo)系統(tǒng)。其中運(yùn)動(dòng)經(jīng)度圈系統(tǒng)是十二地支，由十二次與十二辰組成，它們是天赤道圈與六個(gè)經(jīng)度圈垂直相交出的十二個(gè)等分點(diǎn)。十二次，是把黃赤道帶的天區(qū)自西向東劃為十二個(gè)部分，它主要用來觀測五星以及日、月的位置及運(yùn)動(dòng)。十二次還和二十四節(jié)氣相對(duì)應(yīng)。十二辰，是沿天赤道從東向西將周天等分為十二個(gè)部分，各辰以十二地支命名。“辰”本意指日、月的交會(huì)點(diǎn)，所以它主要用來搞定夏歷一年十二個(gè)月的初一時(shí)太陽所在的位置。

有了經(jīng)度還要有緯度。我們知道，地球周日運(yùn)動(dòng)的同時(shí)有自轉(zhuǎn)，而且還做著由南到北再由北到南的來回運(yùn)動(dòng)，來回的兩條邊界即是南北回歸線。如果視地球相對(duì)靜止，則這相當(dāng)于地球繞太陽旋轉(zhuǎn)的黃道圈在做基于一個(gè)固定中軸的“往復(fù)且左旋進(jìn)動(dòng)”的運(yùn)動(dòng)，所以站在地球上看那些星星，會(huì)發(fā)現(xiàn)它們也在做相對(duì)于地平面的同樣的運(yùn)動(dòng)。眾星中木星的運(yùn)行最“規(guī)矩”，它差不多十二年回到同一經(jīng)度、十年回到同一緯度。所以以它為星星們的維度周期運(yùn)動(dòng)“標(biāo)準(zhǔn)”，將黃道圈等分為十份，這即是十天干。換言之，十天干是一個(gè)運(yùn)動(dòng)緯度圈系統(tǒng)。

利用十二地支經(jīng)度圈系統(tǒng)與十天干緯度圈系統(tǒng)這套巧奪天工的“雙圈坐標(biāo)系”，中國古人洞悉了一系列“天機(jī)”。比如，土星與木星每二十年相會(huì)一次；土星、木星與水星每六十年在一條直線上相會(huì)一次；每一百八十年，太陽系的九大行星會(huì)同處于太陽的一側(cè)；每五百四十年所有的星星全部回到原來的位置，等等?；谶@些“天機(jī)”，中國古人創(chuàng)立出“三元九運(yùn)”體系：以五百四十年為一個(gè)“大元”，一個(gè)大元分為三個(gè)一百八十年的“正元”；每個(gè)正元又分為上、中、下三個(gè)六十年的“元”；每“元”再分為三個(gè)二十年的“運(yùn)”，即上元一運(yùn)、二運(yùn)、三運(yùn)，中元四運(yùn)、五運(yùn)、六運(yùn)，下元七運(yùn)、八運(yùn)、九運(yùn)；每運(yùn)再分為一白、二黑、三碧、四綠、五黃、六白、七赤、八白、九紫九個(gè)更小的周期。由于十天干、十二地支同時(shí)與天區(qū)、地域相對(duì)應(yīng)，所以“三元九運(yùn)”實(shí)際上揭示了地球上季候、天氣、動(dòng)植物等自然資源540年、180年、60年、20年以及9年等五個(gè)層次的周期變化規(guī)律，進(jìn)而也揭示了人類的政治、經(jīng)濟(jì)、社會(huì)乃至文化等等各個(gè)方面五個(gè)層次的周期變化態(tài)勢(shì)。