公元前1世紀(jì)，古羅馬軍隊(duì)征服了希臘。古羅馬人長(zhǎng)期的四方征戰(zhàn)促進(jìn)了東西方文化交流的廣泛進(jìn)行，但是科學(xué)的發(fā)展卻開(kāi)始衰落。歐洲的科學(xué)發(fā)展開(kāi)始從古希臘的巔峰下落。公元5世紀(jì)中葉到15世紀(jì)初這一時(shí)期，史稱中世紀(jì)，它是歐洲的“黑暗時(shí)期”，也是歐洲文明的衰退時(shí)期。公元5世紀(jì)后半期，在內(nèi)部奴隸起義和外部日爾曼部落的入侵下，羅馬帝國(guó)滅亡了。西歐開(kāi)始逐步向封建化的社會(huì)過(guò)渡。在過(guò)渡過(guò)程中，基督教得到了廣泛的傳播，其地位日益得到提高和鞏固。隨著基督教的擴(kuò)張進(jìn)程，一切異教的文化都被消滅了。整個(gè)西歐社會(huì)都處在嚴(yán)酷的思想和愚昧的政策統(tǒng)治下。在當(dāng)時(shí)，除了教會(huì)的《教義問(wèn)答》外，不允許任何異端思想的存在。圣經(jīng)的詞句開(kāi)始具有了法律效力。封建領(lǐng)主土地所有制和自然經(jīng)濟(jì)相適應(yīng)，結(jié)果造成了政治上的分裂和思想上的閉關(guān)自守，商品流通和文化交流都受到了嚴(yán)重的阻礙。曾經(jīng)輝煌一時(shí)的古希臘知識(shí)，像德謨克利特、伊壁克魯和阿基米德的學(xué)說(shuō)都被丟棄了。哲學(xué)和科學(xué)淪為了神學(xué)的婢女。
到了11世紀(jì)，隨著工藝和商業(yè)的擴(kuò)大，歐洲開(kāi)始出現(xiàn)了學(xué)術(shù)復(fù)興的萌芽。這種萌芽是伴隨著營(yíng)造教堂和建立大學(xué)而開(kāi)始的。11世紀(jì)末，為了掠奪東方的財(cái)富，西歐教俗兩界的統(tǒng)治者發(fā)動(dòng)了一場(chǎng)前后8次，歷時(shí)近200年的侵略戰(zhàn)爭(zhēng)，即“十字軍東征”。這場(chǎng)戰(zhàn)爭(zhēng)給西歐的底層人民帶來(lái)了深重的災(zāi)難。但也促進(jìn)了東西方文明的交流。許多用阿拉伯文保存下來(lái)的古希臘羅馬著作以及東方的技術(shù)成就例如中國(guó)的四大發(fā)明等，都開(kāi)始傳入西歐，有利地促進(jìn)了歐洲科學(xué)技術(shù)的提高。
在歐洲漫長(zhǎng)的中世紀(jì)里，宗教與經(jīng)院哲學(xué)統(tǒng)治著人們的思想，人類的探索精神被扼殺了：
391年，羅馬皇帝下令禁止一切異教，禁止學(xué)習(xí)數(shù)學(xué)、天文學(xué)。
415年，女?dāng)?shù)學(xué)家、天文學(xué)家海帕西婭被燒死。教會(huì)還宣布數(shù)學(xué)是“魔鬼的藝術(shù)”，下令把數(shù)學(xué)家當(dāng)作異教徒驅(qū)逐出境。
1220年，教皇洪諾留三世下令設(shè)立宗教裁判所。
1327年，阿斯科里認(rèn)為地球是球形的，就被用火燒死。
1611年，一個(gè)主教說(shuō)虹是水滴反光的結(jié)果，被開(kāi)除教藉，死于獄中后，尸體還被砍碎。有人甚至因?yàn)檎f(shuō)事物會(huì)變化，過(guò)去人們的生活同現(xiàn)在不同，也被割了舌頭以后燒死。
15世紀(jì)西班牙宗教裁判官托爾奎馬達(dá)一個(gè)人就判了一萬(wàn)多人火刑。在他幾十年的一生中，平均每天都要燒死一個(gè)“異教徒”。
受過(guò)迫害的大科學(xué)家也是數(shù)不盡數(shù)：羅吉爾·培根、布魯諾、達(dá)·芬奇、伽利略、開(kāi)普勒，哥白尼因?yàn)閾?dān)心教會(huì)的迫害，把《天體運(yùn)行論》擱置了三十多年直到臨終前才出版。
但是，事物總是不是那么絕對(duì)的，基督教有時(shí)有促進(jìn)了科學(xué)的發(fā)展?，F(xiàn)代科學(xué)的奠基者大部分是基督徒，有很大一部分甚至本身就是神職人員，如下文將提到的羅吉爾·培根、布魯諾、哥白尼。而歷史悠久的世界著名大學(xué)的前身都是天主教修道院或者新教神學(xué)院，這些學(xué)校培養(yǎng)了絕大部分的科學(xué)先驅(qū)。
古希臘文化在歐洲的重新傳播，引起了教會(huì)的恐慌。教會(huì)在開(kāi)始時(shí)對(duì)其中傳播最為廣泛的亞里士多德的學(xué)說(shuō)進(jìn)行禁止。但很快又改變了策略，他們開(kāi)始抓住希臘人特別是亞里士多德學(xué)說(shuō)中的消極因素加以歪曲和利用。其實(shí)，還在羅馬帝國(guó)后期，就曾經(jīng)出現(xiàn)過(guò)所謂的“教父哲學(xué)”，一種企圖用哲學(xué)來(lái)論證基督教教義的“學(xué)問(wèn)”。到了公元8至10世紀(jì)，教父哲學(xué)又發(fā)展成為經(jīng)院哲學(xué)，它是以理論形式裝扮起來(lái)的為統(tǒng)治階級(jí)服務(wù)的官方哲學(xué)。經(jīng)院哲學(xué)所進(jìn)行的一切論證都以圣經(jīng)的詞句作為出發(fā)點(diǎn)和終極真理，根本無(wú)視經(jīng)驗(yàn)和實(shí)踐的存在，并對(duì)科學(xué)研究采取敵對(duì)的態(tài)度。教會(huì)對(duì)經(jīng)院哲學(xué)進(jìn)行了充分的加工和利用，意大利人托馬斯·阿奎那（Thomas Aquinas，1225—1274）是這一工作的主要完成者。托馬斯·阿奎那把自然知識(shí)和神學(xué)結(jié)合起來(lái)，制定了教會(huì)的信條。
托馬斯·阿奎那
托馬斯孩提時(shí)代曾在蒙特卡西諾修道院受了9年初等教育。身為伯爵的父親一直希望他能成為修道院院長(zhǎng)。14歲時(shí)，他進(jìn)入那不勒斯大學(xué)，接觸到大量的科學(xué)與哲學(xué)著作。5年以后，加入了天主教組織“多明我教團(tuán)”，這成為他一生的重要轉(zhuǎn)折。
1245年，托馬斯前往巴黎，受教于亞里士多德主義者阿爾伯特。自1257年開(kāi)始在巴黎大學(xué)教授神學(xué)，用10年時(shí)間專心從事教學(xué)和著作活動(dòng)，并被羅馬教廷任命為神學(xué)顧問(wèn)與講師。在他去世3年后，巴黎各神學(xué)大師譴責(zé)了219條命題，其中有12條是托馬斯的觀點(diǎn)。這是中世紀(jì)最嚴(yán)厲的譴責(zé)。托馬斯在巴黎大學(xué)執(zhí)教時(shí)，亞里士多德的學(xué)說(shuō)已大量涌入，在教徒中引起的反響極為強(qiáng)烈。教會(huì)深感其著作的危險(xiǎn)性，幾次試圖封鎖這種與天主教正統(tǒng)信仰不相容的自然主義和理性主義哲學(xué)，禁止轉(zhuǎn)錄、閱讀和保存?？赏旭R斯并不害怕這種學(xué)說(shuō)，他和老師阿爾伯特一起潛心研究亞里士多德的著作，他閹割了亞里士多德哲學(xué)中的唯物主義和辯證法，而將其中的唯心主義和形而上學(xué)體系加以全面系統(tǒng)地發(fā)揮，并將其納入基督教的神學(xué)體系，使它成為天主教官方哲學(xué)的基礎(chǔ)。
他成功地將基督教的神學(xué)思想和亞里士多德的哲學(xué)融合在一起，建立起了龐大的經(jīng)院哲學(xué)體系。為了理想，他也是蠻拼的，他一生著有18部巨著，其中包括集基督教思想之大成的《神學(xué)大全》和《哲學(xué)大全》、《論存在和本質(zhì)》、《論正統(tǒng)信仰和真理、異教徒議論大全》等。
托馬斯的全部理論都是為天主教信條服務(wù)的。他明確提出哲學(xué)必須為神學(xué)服務(wù)，之后，又為上帝存在這一神學(xué)最高信條作了哲學(xué)的論證。認(rèn)為應(yīng)通過(guò)上帝的創(chuàng)造物來(lái)認(rèn)識(shí)上帝的存在，利用亞里士多德哲學(xué)中的目的論的唯心主義思想推論出萬(wàn)物創(chuàng)造者的上帝的存在。
托馬斯歪曲和利用亞里士多德關(guān)于形式和質(zhì)料的學(xué)說(shuō)，主張世界是上帝從虛無(wú)中創(chuàng)造出來(lái)的，斷言世界的創(chuàng)造是有時(shí)間開(kāi)端的；同時(shí)，上帝創(chuàng)造了一個(gè)等級(jí)制的宇宙系；最低層是大地及由水土火氣四種元素構(gòu)成的一切物質(zhì)，之上是植物、動(dòng)物和人，再上是天體，再之上就是整個(gè)世界所追求的最高目的──三位一體的上帝；還探討了個(gè)別和一般的關(guān)系，認(rèn)為存在于個(gè)別事物中的一般，并不是個(gè)別事物本身所固有的，而是寄居或隱藏在個(gè)別事物中的某種特殊實(shí)體。物體之間的不同特性，是由于潛入物體的這種隱秘的質(zhì)所決定的。銅之所以為銅，是因?yàn)樗锩鏉摬刂般~”這種特殊實(shí)體，銅之所以能壓延，是因?yàn)樗锩鏉摬刂皦貉有浴边@種隱秘的質(zhì)。所以，有多少種物體的特性，就有多少種“隱秘的質(zhì)”，那就不必深入研究事物內(nèi)部結(jié)構(gòu)和相互關(guān)系了。顯然，這種學(xué)說(shuō)嚴(yán)重妨礙科學(xué)的發(fā)展。
托馬斯還力主教會(huì)的權(quán)力至高無(wú)上。認(rèn)為如同神高于人，靈魂高于肉體一樣，教會(huì)高于世俗的國(guó)家。教皇是基督的代理人，政權(quán)應(yīng)由他掌握，國(guó)家必須服從教會(huì)，國(guó)王必須順從教皇。他還極力維護(hù)封建君主的統(tǒng)治權(quán)力，認(rèn)為君主制是最好的政治形式，并說(shuō)，沒(méi)有一個(gè)統(tǒng)治者控制和指導(dǎo)民眾，社會(huì)就會(huì)解體。
托馬斯從靈魂不死的觀點(diǎn)出發(fā)，大力宣揚(yáng)“來(lái)世幸?！?，認(rèn)為塵世生活的幸福并非最高幸福，最高幸福是對(duì)上帝的靜觀，從而使靈魂得救。這只有在來(lái)世、在彼岸世界才能做到，因而為爭(zhēng)取現(xiàn)實(shí)生活的幸福而進(jìn)行斗爭(zhēng)就是惡就是犯罪，最大的犯罪行為是異端或異教行為。對(duì)一切異教徒均應(yīng)活活燒死，“將他們從世界上消滅掉”。托馬斯包羅萬(wàn)象的神學(xué)唯心主義體系產(chǎn)生后，很快成為西歐中世紀(jì)思想領(lǐng)域中占絕對(duì)統(tǒng)治地位的學(xué)說(shuō)。教會(huì)在他生前就給予了他極大的支持和極高的聲譽(yù)，稱他為最光榮的“天使博士”。1323年教皇追封他為“圣徒”，1567年他又被命名為“教義師”，1879年教皇還正式宣布他的學(xué)說(shuō)是“天主教會(huì)至今唯一真實(shí)的哲學(xué)”。
13世紀(jì)（1230年），基督教會(huì)成立了宗教裁判所，對(duì)各種新思想的傳播都以“異端”的罪名進(jìn)行殘酷鎮(zhèn)壓。歐洲的文明黑暗仍在繼續(xù)。
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