永和元年，以武略為庾翼所重的桓溫，可謂名動一時，成為炙手可熱的風(fēng)云人物。
病重的庾翼上書朝廷請求讓兒子庾爰之接掌荊州，一石激起千層浪。再剛剛過去的嗣君之爭中，庾翼敗北，何充擁立新君，總領(lǐng)朝政。對于這一請求，何充為首的朝臣自然不愿同意。
荊州地處建康上游，“兵強(qiáng)財富，地勢逼危”，素來是東晉朝廷的“外閫”，庾氏身為成帝朝的外戚，自庾亮開始外鎮(zhèn)荊州，執(zhí)朝廷之權(quán)多年，如今庾翼病危，庾氏一族內(nèi)并無出色后輩，正是遏制庾氏勢力的大好良機(jī)。
桓溫雖黨附庾氏，可桓氏卻不過是新晉士族，沒有高門族望，根基并不深厚，遠(yuǎn)比庾氏要更加好控制，加上其在軍中歷練多年，素有威望，完全可以鎮(zhèn)服庾爰之，何充便舉薦桓溫為荊州刺史，這時朝中與何充一起輔政的會稽王昱的意見變得尤為重要。
司馬昱以撫軍大將軍、錄尚書六條事，參與輔政，召名士劉惔入幕府，對于桓溫出任荊州刺史一事，朝野多有分歧，劉惔就是其中反對的一個。
劉惔作為清談名士，不僅與司馬昱相交甚篤，還與桓溫早就相識，對桓溫為人多有了解，知道桓溫雖有才干，可并非是甘居人下之人。劉惔向司馬昱進(jìn)言，認(rèn)為荊州形勝之地，以桓溫的才干自然能勝任，可桓溫此人有野心，恐怕將來會威脅到晉室，并請司馬昱自領(lǐng)荊州。
司馬昱身負(fù)雅望，朝野素有賢明，喜清談雅集，怎么可能愿意出鎮(zhèn)荊州四戰(zhàn)之地，案牘勞形。況且司馬昱也深知朝局，門閥勢大，皇室與士族共天下，這個平衡不能輕易打破，就算他樂意執(zhí)守一方，各大門閥也未必樂意見到一位強(qiáng)勢皇族出現(xiàn)。司馬昱入中樞輔政日淺，正是需要結(jié)交拉攏各門閥士族，對主政的何充意見怎可相拂。
永和元年（345）七月，庾翼病逝。同年八月，在兩位輔政大臣何充和司馬昱的支持下，以桓溫為安西將軍、持節(jié)、都督荊、司、雍、益、梁、寧六州諸軍事，領(lǐng)護(hù)南蠻校尉，荊州刺史。
這一年桓溫三十三歲，司馬昱二十五歲，一個開始外鎮(zhèn)一方，一個開始中樞輔政，共同開啟了永和年間，政通人和，中興之勢。
簡文作撫軍時，嘗與桓宣武俱人朝，更相讓在前。宣武不得已而先之，因曰：“伯也執(zhí)殳，為王前驅(qū)?！焙單脑唬骸八^‘無小無大，從公于邁’。”
桓溫入朝陛見時，與司馬昱一道，兩人相互謙讓甚是客氣，桓溫不得已先行，于是說道：" 伯也執(zhí)殳，為王前驅(qū)。" 司馬昱道：" 這正是‘無小無大，從公于邁’。"
兩人引用的都是《詩經(jīng)》的句子，伯也執(zhí)殳，為王前驅(qū)，大意為我哥手里拿著殳，為王打仗做先驅(qū)。無小無大，從公于邁，意指無論大小臣子，都跟著公出游。
對話典雅切事，妙對天然，有趣得緊，當(dāng)真是相敬相諧。
永和二年（346）正月，驃騎將軍、錄尚書事何充病卒，會稽王昱總領(lǐng)朝政，是為相王。而與此同時，經(jīng)略荊襄的桓溫也已掌控荊州局勢，庾翼之子庾爰之相爭不過，被流往豫章，庾氏經(jīng)營多年的荊州被桓溫徹底收入囊中，龍亢桓氏經(jīng)此躍居江東頂級門閥之列。
《世說新語》有載，桓溫治理荊州多行仁德。
桓公在荊州，全欲以德被江、漢，恥以威刑肅物。令史受杖，正從朱衣上過?；甘侥晟?，從外來，云：“向從閣下過，見令史受杖，上捎云根，下拂地足?！币庾I不著?；腹疲骸拔要q患其重?！?/strong>
桓溫鎮(zhèn)荊楚，兵強(qiáng)財富、居天下之半，自然志在立功樹威，以盡胸中抱負(fù)。但不同于桓溫的濟(jì)世抱負(fù)，司馬昱并無經(jīng)世之才，所求不過司馬氏皇權(quán)不墮，維系門閥政治平衡，兩人政見其實(shí)并不相同，《世說新語》中的一則小故事便可道盡。
簡文為相，事動經(jīng)年，然后得過?；腹趸计溥t，常加勸勉。太宗曰：“一日萬機(jī)，那得速！”
處理政事怎么還能是一副名士派頭？在桓溫眼里真正敬佩是劉琨這般的人物，入則為名士，出則為良將。
劉琨少有文名，為金谷二十四友之一。永嘉之亂后，孤守晉陽九年，抵御前趙和后趙。匈奴圍攻并州時，曾白衣飄飄登樓吹笳，曲聲哀傷凄婉，引匈奴兵思鄉(xiāng)情，流淚退兵而回。
像劉琨這樣的名士才是國之柱石，桓溫欽慕不已，常常以劉琨自比。因此司馬昱和桓溫，一個中樞宰輔，一個地方強(qiáng)藩，雖然互為奧援，相得益彰，可這脆弱的政治平衡，很容易會被打破。
永和二年（346年）十月，割據(jù)蜀地的成漢國內(nèi)發(fā)生叛亂，國政日衰。這是一舉收復(fù)蜀中大好時機(jī)，對一心恢復(fù)故地的桓溫來說怎么可能錯過？
永和二年(346年)十一月，桓溫上疏朝廷，請求伐蜀。晉廷專就西征一事進(jìn)行討論，大多數(shù)以蜀道險遠(yuǎn)，孤軍深入為憂，主政的司馬昱自然沉吟不決。
天賜良機(jī)豈可白白錯過，江夏相袁喬言：蜀雖險固，比胡為弱。李勢無道，臣民不附。且恃其險遠(yuǎn)，不修戰(zhàn)備，宜以精卒萬人輕裝疾趨，可一戰(zhàn)而擒。
桓溫當(dāng)機(jī)立斷，不等朝廷回復(fù)，便與征虜將軍周撫、輔國將軍司馬無忌率軍西進(jìn)，并以袁喬率二千人為前鋒。
朝廷得知桓溫精兵簡從伐蜀，自司馬昱以下皆憂懼不已，認(rèn)為必敗。唯有劉惔認(rèn)為桓溫必勝，并斷言桓溫此后恐專制朝廷。
結(jié)果果如劉惔所預(yù)見，永和三年（347）二月，桓溫徑率步卒三戰(zhàn)三捷直逼成都，李勢投降，成漢亡，闊別晉室近五十年之久的巴蜀之地，重歸朝廷?；笢匾惨粦?zhàn)成名，威名赫赫，聲望隆隆。
桓溫平蜀，聲望正隆，司馬昱與他相諧的微妙平衡被打破，身為皇室執(zhí)政，司馬昱對桓溫逐漸膨脹的勢力深感憂慮，開始有意栽培，以見識度量、清明高遠(yuǎn)而著稱的殷浩，引其為心腹，期望殷浩能制衡桓溫。
殷浩精通玄理，善于清談，為時下風(fēng)流名士們所推崇，被司馬昱征召為建武將軍、揚(yáng)州刺史后，果真是處處與桓溫為敵，深為桓溫所恨，不過桓溫知道殷浩的為人，不過是喜好玄談的無用之輩，不知兵，且剛愎多疑，難堪大任，也不懼怕。
永和五年(349)四月，后趙皇帝石虎病死，諸之相爭，北方形勢大亂。五月桓溫立刻上疏朝廷，請求北伐，恢復(fù)中原，并自江陵出鎮(zhèn)安陸，等待敕命。
此時司馬昱無法答復(fù)桓溫，若許桓溫北伐，恐怕很快桓溫就會成為第二個曹操、司馬懿，他可不想先祖的故事在晉室上演。
永和六年(350年)，殷浩被任命為中軍將軍、假節(jié)、都督揚(yáng)豫徐兗青五州諸軍事，其制衡桓溫之意愈發(fā)明顯。
永和七年（351）末，桓溫再次上表請求北伐，而且拜表即行，率眾數(shù)萬順流東下，駐軍武昌（今湖北鄂城），朝廷大懼。
司馬昱不得已親自寫信，示以款誠，曉以利害，書言：寇難宜平，時會宜接，弘此遠(yuǎn)圖，非足下而誰？但興師動眾，要當(dāng)以資實(shí)為本。行軍運(yùn)轉(zhuǎn)，古人歷難，當(dāng)先思寧國而后圖其外，使王基克隆，大義弘著。
桓溫也不想逼迫太甚，背負(fù)要上之名，便上疏惶恐致謝，回軍還鎮(zhèn)。
這次北伐之議，雖然結(jié)果是桓溫上表謝罪，回軍還鎮(zhèn)，不再提北伐之語，卻也讓司馬昱認(rèn)識到了桓溫的強(qiáng)橫跋扈，對其憂懼愈深，急需有人能制衡桓溫。
永和八年（352）初，殷浩上疏請北出許、洛，司馬昱許之。并以安西將軍謝尚、北中郎將荀羨為督統(tǒng)進(jìn)屯壽春（今安徽壽縣）。但因后趙降將張遇發(fā)動叛亂，謝尚大敗，損兵折將，逃還淮南，殷浩亦退屯壽春。王羲之建議罷兵，殷浩不從，復(fù)謀再舉。永和九年（353）十月，殷浩遂率大軍七萬自壽春北伐，欲進(jìn)占洛陽，以姚襄為前驅(qū)，但因姚襄與殷浩構(gòu)隙，反伏兵山桑（今安徽蒙城北）攻擊殷浩，殷浩軍大敗，北伐至此失敗。
桓溫于是借機(jī)上書要求治罪殷浩，永和十年（354）初，司馬昱只能將殷浩免為庶人。此時內(nèi)外在無人能掣肘，桓溫決意北伐。
永和十年(354年)二月，桓溫統(tǒng)帥步騎四萬，自江陵出發(fā)，北伐前秦。這次北伐晉軍歷經(jīng)數(shù)次血戰(zhàn)，生擒前秦將領(lǐng)郭敬，擊退淮南王苻生，順利進(jìn)入關(guān)中，桓溫陳兵灞上，直逼前秦都城長安，秦主苻健退保長安小城，三輔郡縣紛紛附晉。百姓爭相攜持牛酒迎勞，男女夾路迎觀，耆老垂泣說：“不圖今日復(fù)睹官軍！”
只可惜桓溫軍后勤不利，糧草不濟(jì)，被苻健得知，苻健堅壁清野，晉軍陷入困境不得不引退還。同年六月，桓溫徒關(guān)中三千余戶而歸，呼延毒帥眾一萬從溫還。秦派太子苻萇隨后襲擊，晉軍屢敗，所占關(guān)中之地旋又棄之。
此次北伐雖然最終失利，但卻差點(diǎn)將前秦滅國，極大打擊胡人氣焰，振奮晉軍聲威，使北地胡族不敢小覷晉廷、思謀南下。
九月，桓溫伐秦還，威望日隆，司馬昱也只能盡力籠絡(luò)，上表皇帝遣侍中，黃門勞溫于襄陽。
永和十二年（356）二月，桓溫奏請移都洛陽，修復(fù)陵園。洛陽此時還在姚襄手中，遷都此舉不過是桓溫北伐的托詞，司馬昱與朝臣思慮再三，最終拜桓溫為征討大都督，都督司、冀二州諸軍事，負(fù)責(zé)征討事宜。
同年八月，桓溫率軍擊敗姚襄，洛陽降附。自永嘉五年（公元311年），匈奴攻陷洛陽后，時隔四十五年，晉廷重復(fù)故都，桓溫功在社稷，聲望如日中天。
桓公入洛，過淮、泗，踐北境，與諸僚屬登平乘樓，眺矚中原，慨然曰：“遂使神州陸沉，百年丘墟，王夷甫諸人不得不任其責(zé)！”袁虎率而對曰：“運(yùn)自有廢興，豈必諸人之過？”桓公懔然作色，顧謂四坐曰：“諸君頗聞劉景升不？有大牛重千斤，啖芻豆十倍于常牛，負(fù)重致遠(yuǎn)，曾不若一贏牸。魏武入荊州，烹以饗士卒，于時莫不稱快。”意以況袁。四坐既駭，袁亦失色。
桓溫感慨五胡亂華，神州陸沉，其罪在王衍之輩，清談?wù)`國！如同劉表養(yǎng)的大牛，吃的多卻不堪負(fù)重，全是廢物?；笢厍撇黄疬@些士族所謂的名士，高門士族卻也看不起桓溫，蔑稱其是、為“老兵”，桓溫慨然道：“我不為老兵，爾輩豈能高坐？”
兩次北伐給桓溫帶來了巨大威望，北方秦、燕兩國俱攝于桓溫軍威，不敢造次，晉室能偏安一隅，全得賴于桓溫一人！晉廷冊封桓溫為南郡公，官拜大司馬，桓溫諸弟也遍任要職，司馬昱為籠絡(luò)桓溫，更是與其聯(lián)姻，下嫁女新安郡主于桓溫子桓濟(jì)。此時的桓溫權(quán)傾朝野，執(zhí)掌晉室大權(quán)，成為自王氏、庾氏之后掌內(nèi)外權(quán)柄的門閥。
桓溫的崛起自然讓其他士族不安，內(nèi)外憂懼，都能感覺到桓溫篡立的野心。
宣武與簡文、太宰共載，密令人在輿前后鳴鼓大叫。鹵簿中驚擾，太宰惶怖，求下輿，顧看簡文，穆然清恬。宣武語人曰：“朝廷間故復(fù)有此賢?！?/strong>
桓溫和司馬昱、司馬晞共乘一車，桓溫暗中命人在車后擂鼓大喊，司馬晞驚恐不安，唯獨(dú)司馬昱鎮(zhèn)靜安詳，這樣的試探舉動，讓桓溫意識到晉室皇族中還是有賢人的。司馬昱輔佑多朝，還是很讓桓溫敬憚的。
太和四年（369年）北地紛亂，中原故都已被燕國攻占，大司馬桓溫上表再次北伐。此時桓溫已至暮年，北伐燕國，一來收復(fù)故土，二來北伐獲勝后，可挾此威逼晉室加其九錫，為篡國鋪路。
朝中上下都明白桓溫北伐之意，可卻無力反對，只能迫于威勢同意。
但桓溫此行剛愎自用未能聽進(jìn)郗超建議，兵敗枋頭。這次大敗讓桓溫聲望大跌，無力行篡位之舉。
桓溫將戰(zhàn)敗之罪委于袁真，請朝廷廢袁真為庶人，致袁真據(jù)壽春反叛。為雪恥恨，恢復(fù)名望，他又出兵壽春，挫敗袁氏。雖收復(fù)壽春，可名望卻并不能挽回，于是桓溫有意仿效伊尹放太甲、霍光廢昌邑王事，震懾天下。
太和六年（371）十一月十三日，桓溫拜見褚太后，請求廢掉晉帝，改立丞相會稽王司馬昱為帝，褚太后只得依從。十五日，桓溫召集文武百官，宣布了褚太后的命令，廢晉帝為東海王，以丞相、錄尚書、會稽王司馬昱繼承皇統(tǒng)。
桓溫擅行廢立，百官震栗，天下側(cè)目！為保權(quán)勢，桓溫羅織罪名，大力清除異己，太宰武陵王司馬晞父子被貶，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族誅。
《世說新語》載：桓宣武既廢太宰父子，仍上表曰：“應(yīng)割近情，以存遠(yuǎn)計。若除太宰父子， 可無后憂。”簡文手答表曰：“所不忍言，況過于言？”宣武又重表，辭轉(zhuǎn)苦切。簡文更答曰：“若晉室靈長，明公便宜奉行此詔；如大運(yùn)去矣，請避賢路！”桓公讀詔，手戰(zhàn)流汗，于此乃止。太宰父子遠(yuǎn)徙新安。
面對咄咄逼人的桓溫，被擁立的簡文帝硬氣的反擊，若晉室靈長，明公便宜奉行此詔；如大運(yùn)去矣，請避賢路！這讓原本就有些緊張的桓溫有所收斂，不敢表露太多不臣之心。
這對完全走到對立面的君臣，已經(jīng)開始話不投機(jī)了。、
《世說新語》有悔卷言：桓宣武對簡文帝，不甚得語。廢海西后，宜自申敘，乃豫撰數(shù)百語，陳廢立之意。既見簡文，簡文便泣下數(shù)十行。宣武矜愧，不得一言。
“沖虛簡貴”已無所作為的司馬昱也只能靠其數(shù)十行眼淚，表達(dá)不滿，與桓溫抗?fàn)帯?/p>
即位之后的簡文帝或許體會到了當(dāng)年其父元帝的凄惶、無助。面對雄武的權(quán)臣，雖貴為九五之尊，也有朝不保夕之感。“志士痛朝危，忠臣哀主辱”司馬昱誦讀此詩句，泣下流襟，為帝至此，其敗何堪。
咸安二年（372）七月，司馬昱身患重病，在憂懼中駕崩。諸大臣懼怕桓溫威勢，疑慮重重，竟然不敢立嗣，最終還是尚書仆射王遽之道：天子崩，太子代立，大司馬何容得異！太子司馬曜方被迎立為帝。
在司馬昱病重時曾急詔桓溫回朝，桓溫不肯，司馬昱只得下詔讓桓溫攝政，效仿周公。王坦之卻據(jù)理力爭，將遺詔中的"攝政"改為"輔政"，依照諸葛亮、王導(dǎo)舊例。這讓未能如愿攝政的桓溫，大為惱怒。
桓公見謝安石作簡文謚議，看竟，擲與坐上諸客曰：“此是安石碎金?！?/strong>
謝安為司馬昱作謚為“簡文”，桓溫將謚議擲在地上，不滿之情溢于言表。
寧康元年(373年)二月，桓溫帶兵入朝，謝安、王坦之率百官到新亭(今南京西)迎接，拜于道側(cè)，桓溫入皇陵拜謁了司馬昱，也不知此時已是風(fēng)燭殘年的桓溫在陵前作何想。同年七月，桓溫病逝于姑孰。
最后援引《世說新語》有悔卷，一則軼事結(jié)束。
桓公臥語曰：“作此寂寂，將為文、景所笑！”既而屈起坐曰：“既不能流芳后世，亦不足復(fù)遺臭萬載邪？”
