嘉慶四年（1799年），清廷以勒保為經(jīng)略大臣，明亮、額勒登保為參贊大臣，節(jié)制川、陜、楚、豫、甘五省官軍進(jìn)擊，并曉諭州縣辦團(tuán)練，堅(jiān)壁清野，攻撫并施。使教匪處境艱難，張漢潮等相繼犧牲。嘉慶五年（1800年），清廷任勒保為四川總督，集主力于川西阻截教匪軍。經(jīng)數(shù)次激戰(zhàn)，教匪退入南山和巴山老林。至嘉慶九年（1804年）九月，教匪殘部被清軍陸續(xù)擊破，教亂被平定。
川楚陜五省白蓮教亂從性質(zhì)上來說是一次披著宗教外衣的農(nóng)民階級領(lǐng)導(dǎo)的起義，“所謂宗教戰(zhàn)爭也根本是為著十分明確的物質(zhì)的階級利益而進(jìn)行的，這些戰(zhàn)爭……都是階級斗爭?！睆谋举|(zhì)上講，白蓮教亂仍然是農(nóng)民階級反對地主階級的階級斗爭，“一切社會變遷和政治變革的終極原因，不應(yīng)當(dāng)在人們的頭腦中，而應(yīng)當(dāng)在生產(chǎn)方式和交換方式的變革中去尋找”。
教亂軍主要由破產(chǎn)農(nóng)民、失業(yè)工人、流民、棚民及雇工組成，教亂軍的領(lǐng)導(dǎo)階級實(shí)際上是分散經(jīng)營的小生產(chǎn)者，他們思想意識保守、狹隘，與歷史上無數(shù)次的農(nóng)民起義一樣，由于其階級的局限性，白蓮教的領(lǐng)導(dǎo)階層仍然不可能提出徹底解放他們的政治綱領(lǐng)。白蓮教亂前川楚陜社會這種特殊的社會經(jīng)濟(jì)關(guān)系，決定了參加起義的階層的階級性質(zhì)，從而制約了白蓮教亂不可能提出明確的政治綱領(lǐng)。
白蓮教亂軍所采取的軍事行動，僅為解決生活問題，沒有遠(yuǎn)大的目標(biāo)，也提不出進(jìn)一步的政治綱領(lǐng)，而這種沒有革命遠(yuǎn)景的單純軍事行動，不可能經(jīng)常鼓舞群眾的斗志，以號召農(nóng)民來反抗統(tǒng)治階級。
勞動人民跟著白蓮教起來反抗清朝統(tǒng)治者的剝削與壓迫只是暫時(shí)的現(xiàn)象，白蓮教亂軍很難取得廣大人民群眾長期的支持與清軍進(jìn)行長期的斗爭。階級的局限性決定了他們不可能去奪取封建政治重心的城市，更不可能建立自己的根據(jù)地來保存和發(fā)展自己的實(shí)力。
游擊戰(zhàn)爭是中國歷代農(nóng)民起義反抗統(tǒng)治階級的主要斗爭形式，但如果僅僅停留在游擊戰(zhàn)爭上，不把大小隊(duì)伍匯合壯大進(jìn)行集中統(tǒng)一的斗爭，是不可能取得最終的勝利的。白蓮教亂軍多由破產(chǎn)農(nóng)民、手工業(yè)者、城市無產(chǎn)游民及農(nóng)場雇工組成，中途更有大量流民加入，他們都受到官僚、地主及手工業(yè)場主的剝削及壓迫，生活朝不保夕、漂泊不定，經(jīng)濟(jì)地位很不穩(wěn)定。
加入教亂軍之后，自然會把原來的經(jīng)濟(jì)生活習(xí)慣及所帶有的意識帶進(jìn)亂軍的隊(duì)伍，這種社會根源導(dǎo)致了白蓮教亂軍在整個(gè)起義過程中都采取了流寇主義的作戰(zhàn)方式。
例如白蓮教亂初期，襄陽教亂軍從嘉慶二年（1797年）正月到同年十二月，在一年的時(shí)間內(nèi)，兩次進(jìn)入陜西，兩次進(jìn)入四川，繞三省邊界轉(zhuǎn)了半個(gè)圈子，行程幾千公里。白蓮教亂軍在漢水川楚陜南巴老林地區(qū)穿來穿去進(jìn)行東蕩西游的游擊戰(zhàn)，也沒有建立起穩(wěn)固的根據(jù)地進(jìn)行統(tǒng)一的戰(zhàn)爭。
在白蓮教亂初期，義軍的力量不夠強(qiáng)大，這種“東蕩西游”的游擊戰(zhàn)無疑是正確的和必要的，但機(jī)械呆板的運(yùn)用勢必導(dǎo)致教亂軍最后的失敗。對白蓮教亂軍這種流寇式作戰(zhàn)方式，清政府應(yīng)付闕如，采取了堅(jiān)壁清野、筑堡團(tuán)練的政策。白蓮教始終處于清政府軍隊(duì)的追剿下。清政府“堅(jiān)壁清野”的政策，切斷了亂軍與當(dāng)?shù)厝嗣袢罕姷穆?lián)系，使白蓮教亂軍的糧食和兵員得不到補(bǔ)充，教亂軍受到重大打擊，軍事行動難以為繼，最終導(dǎo)致了教亂軍的失敗。
白蓮教亂軍本身是一個(gè)個(gè)狹隘的小集團(tuán)組成，它以自然經(jīng)濟(jì)為基礎(chǔ)，為一個(gè)社會特定的階層或特定的集團(tuán)利益服務(wù)。它幾乎吸收了各個(gè)階層的人物，由于各自利益不一致，在反對清政府封建剝削和階級壓迫前進(jìn)的道路上，必然會有所分化，必然會產(chǎn)生宗派主義。在清政府招撫政策宣傳之后，很多已加入白蓮教義軍的下層群眾開始動搖。清政府的這些政策，使得“困極思安”、“久勞思息”的白蓮教亂軍紛紛乞降、投誠，出現(xiàn)了“賊伙自行投誠及難民由賊營逃出者絡(luò)繹不絕”的情況。
