抑癌蛋白(Tumor suppressor)是阻止癌癥發(fā)生的“分子警察”,而促癌蛋白(Oncoprotein)是引起癌癥發(fā)生的“分子流氓”。癌癥發(fā)生的主要原因是警察受傷,亦即抑癌蛋白發(fā)生突變,導(dǎo)致其功能減弱;其次是流氓學(xué)會武術(shù),亦即促癌蛋白發(fā)生突變,導(dǎo)致其功能增強(qiáng)(下圖1,一半以上癌癥驅(qū)動突變發(fā)生于抑癌蛋白)。
然而目前臨床獲批的所有約80個小分子靶向藥物都通過消滅會武術(shù)的流氓來治療癌癥,亦即現(xiàn)有靶向藥物只能靶向促癌蛋白;還沒有一個藥物可以通過拯救受傷的警察來治療癌癥,亦即現(xiàn)有靶向藥物無一能夠抑癌蛋白,這在很大程度上造成了臨床上只有2-13%的癌癥患者有靶向藥物可用的窘境。
靶向抑癌蛋白需反現(xiàn)有靶向策略其道而行——恢復(fù)而非抑制蛋白功能。蛋白功能抑制策略(主要是用小分子競爭性占據(jù)蛋白活性位點,進(jìn)而抑制蛋白功能)具高度邏輯性,催生了大量癌蛋白抑制劑;蛋白功能恢復(fù)策略(用小分子結(jié)合蛋白并恢復(fù)其功能)卻缺乏理論基礎(chǔ)和邏輯支撐,至今尚未建立。亦即,科學(xué)家利用邏輯明確、較為普適的蛋白功能抑制策略,實現(xiàn)了很多癌蛋白的靶向,但關(guān)于如何靶向抑癌蛋白卻無從下手(下圖1)。
以抑癌蛋白p53為例,它是癌癥中突變頻率最高的蛋白,在約50%癌癥患者體內(nèi)發(fā)生突變,該突變頻率遙遙領(lǐng)先任何其余任何蛋白【1】;p53是歷史上以及目前被研究最多的蛋白,該研究熱度遙遙領(lǐng)先其余任何蛋白【2】;過去20年來,至少有50-70個團(tuán)隊在高水平期刊上發(fā)表可以靶向p53突變的各種各樣的藥物,但領(lǐng)域小同行眾所周知:已報道的p53突變體功能恢復(fù)小分子化合物(簡稱恢復(fù)劑,如APR246等共有幾十個)缺乏獨立驗證、其p53功能恢復(fù)效果難以被檢測到【3】。
基于以上現(xiàn)狀,p53恢復(fù)劑被至少14篇不同的文獻(xiàn)稱為是癌癥靶向治療領(lǐng)域的圣杯。如能獲得該圣杯,將在科學(xué)將上開啟抑癌蛋白這一最廣泛發(fā)生突變卻迄今不可成藥的靶點,在臨床上大幅增加靶向治療的受益人群(下圖1)。
圖1:泛癌種中最高頻發(fā)生突變的50個基因。藥丸表示獲批的靶向抗癌小分子。基因突變頻率的突變數(shù)據(jù)來自Nature, 2013. 502(7471): 333-9;基因分類源自O(shè)ncoKB。
上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院盧敏團(tuán)隊前期從“癌癥中有上千種不同的p53突變體,不同突變體失去抑癌功能的機(jī)制各不相同,可以分成不能折疊的結(jié)構(gòu)型突變體、DNA結(jié)合氨基酸發(fā)生突變的DNA結(jié)合型突變體、無意突變體等等各種各樣的突變體,因此不可成存在可以恢復(fù)所有不同類型p53突變體功能的恢復(fù)劑”這一邏輯性假設(shè)出發(fā),于2021年提出“膠連p53多個半胱氨酸以促進(jìn)結(jié)構(gòu)型p53突變體重新折疊”的功能恢復(fù)策略,據(jù)此獲得結(jié)構(gòu)型p53突變體功能恢復(fù)劑三氧化二砷ATO(Arsenic Trioxide,后獲得多個不含砷p53恢復(fù)劑如PAT),并揭示其穩(wěn)定p53三級結(jié)構(gòu)的促折疊機(jī)制【4】。
和已報道的各種p53恢復(fù)劑相比:ATO恢復(fù)p53突變體功能的效果被廣泛重復(fù)、p53功能恢復(fù)的結(jié)構(gòu)學(xué)機(jī)制明確、和結(jié)構(gòu)學(xué)機(jī)制相一致地只能恢復(fù)結(jié)構(gòu)型p53突變體的功能、臨床試驗中被用于治療攜帶可以被ATO恢復(fù)功能的結(jié)構(gòu)型p53突變體的癌癥患者;而其余已報道的20余個廣譜性p53恢復(fù)劑(注:PhiKan083、PC14586等恢復(fù)劑只靶向p53-Y220C單個突變體,不在本文討論范圍)不能被檢測到p53功能恢復(fù)效果、缺乏結(jié)構(gòu)學(xué)機(jī)制、論文發(fā)表后從未被系統(tǒng)性研究哪些p53突變體可以被其恢復(fù)功能、臨床試驗中被用于治療攜帶任意p53突變體的癌癥患者(下圖2)。
圖2:(左、中)在代表性p53恢復(fù)劑的測定中,ATO高效恢復(fù)p53突變體蛋白折疊(蛋白折疊出三級結(jié)構(gòu)才能發(fā)揮功能)和轉(zhuǎn)錄活性(轉(zhuǎn)錄調(diào)控是p53發(fā)揮抑癌功能的主要機(jī)制);(右)ATO釋放砷原子并在p53內(nèi)部膠聯(lián)LSH和β-sandwich結(jié)構(gòu)域,進(jìn)而提高p53結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。(下表)現(xiàn)有p53恢復(fù)劑研究頭對頭比較。
然而,目前只有大概10來個常見的p53突變體被研究過其是否是結(jié)構(gòu)型突變體,因此上千個p53突變體中哪些可以被三氧化二砷(ATO)恢復(fù)功能還未知;此外ATO臨床治療中具有毒副作用,其安全劑量濃度在人體內(nèi)是否足以恢復(fù)p53突變體的功能還未知。
近日,上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院盧敏團(tuán)隊在 Science Translational Medicine 期刊發(fā)表了題為:Diverse rescue potencies of p53 mutations to ATO are predetermined by intrinsic mutational properties 的研究論文。
該研究:
1)測定了ATO對800個癌癥中最常見的p53突變體的功能恢復(fù)效率,鑒定并公開了390個可以被ATO恢復(fù)功能進(jìn)而用于臨床治療的p53突變體(www.rescuep53.net);
2)據(jù)此提出基于每一個單獨p53突變體的功能恢復(fù)效率來進(jìn)行治療的高度精準(zhǔn)治療理論,并利用該理論首次在人體內(nèi)(first-in-human)實現(xiàn)p53功能恢復(fù),并減少白血病患者的微小病灶殘留。
研究通過生化實驗、細(xì)胞試驗、小鼠實驗,系統(tǒng)性鑒定出390個可以被ATO不同程度地恢復(fù)功能的p53結(jié)構(gòu)型突變體。關(guān)鍵的是,這些結(jié)構(gòu)型突變體被ATO恢復(fù)功能的效率差異巨大,其本質(zhì)原因是:折疊狀態(tài)下溫敏性高的結(jié)構(gòu)型突變體如V272M和M133T,其DNA結(jié)合面和野生型一致,因此這類突變體被藥物誘導(dǎo)重新折疊后可以重新結(jié)合DNA并高效恢復(fù)功能;而折疊轉(zhuǎn)態(tài)下溫敏性低的結(jié)構(gòu)型突變體如R249S則組裝出大幅扭曲的DNA結(jié)合面,因此這類突變體被藥物誘導(dǎo)重新折疊后不能結(jié)合DNA故不能被恢復(fù)功能。V272E和M133R突變在p53內(nèi)部導(dǎo)入大側(cè)鏈氨基酸,使p53內(nèi)部完全不兼容,蛋白極難重新折疊,因此難以被恢復(fù)功能;R175H和G245S是介于高溫敏和無溫敏之間的弱溫敏突變體,它們重新折疊后DNA結(jié)合面仍有輕微扭曲,因此,其DNA結(jié)合能力和抑癌功能只能被部分恢復(fù)。
圖3:即使是結(jié)構(gòu)型p53突變體(甚至是同一個氨基酸發(fā)生不同突變的結(jié)構(gòu)型突變體),其被同一個結(jié)構(gòu)穩(wěn)定劑恢復(fù)功能的效率也大不相同。功能恢復(fù)效率的底層決定因素是:p53能否在整體上重新折疊?重新折疊后能否在局部區(qū)域組裝出野生型的DNA結(jié)合面?p53突變體溫敏程度的決定因素是:p53重新折疊后DNA結(jié)合面的完整程度。
之后,研究根據(jù)(p53突變體在三個檢測系統(tǒng)中)功能恢復(fù)效率的高低,把p53突變體分成三類:可以被完全恢復(fù)功能的type-1型突變體,有33個(圖4左,示例前10個);可以被恢復(fù)較多功能的type-2a型和被恢復(fù)較少功能的2b型突變體,有357個;不能被ATO恢復(fù)功能的type-3型突變體,有410個。之后研究對ATO恢復(fù)這三類突變體抑癌功能的能力進(jìn)行了驗證。
對源自10個癌種的47株細(xì)胞系的體外細(xì)胞培養(yǎng)研究表明,ATO對 type-1型和type-2a型p53突變體具有更好的功能恢復(fù)效果,且不限癌種;對3個isogenic CDX小鼠模型、源自五個癌種的7個PDX“小鼠臨床試驗”(圖4右)的研究均表明,ATO對攜帶type-1型和type-2a型p53突變體的小鼠腫瘤具有更好的治療效果,且不限癌種。
最后,研究提出基于每一個p53突變體功能恢復(fù)效率來入組患者的高度精準(zhǔn)治療策略。在一項臨床試驗中,研究發(fā)現(xiàn)一位攜帶type-1 p53突變體的白血病患者。標(biāo)準(zhǔn)劑量ATO單藥治療后,對患者體內(nèi)單個核細(xì)胞進(jìn)行單細(xì)胞測序,結(jié)果表明:
1)患者體內(nèi)癌細(xì)胞中的經(jīng)典p53靶基因如CDKN1A、BBC3/PUMA、GADD45A、MDM2等發(fā)生了與體外細(xì)胞培養(yǎng)體系研究中一樣高效、特異地上調(diào)(圖5左),這證實了p53抑癌功能所依賴的轉(zhuǎn)錄活性已被恢復(fù);
2)血液樣品中微小病灶殘留MRD顯著減少(圖5右),其主要marker CD34、CD117、CD13、CD33、CD45的表達(dá)水平均發(fā)生顯著、大幅下調(diào)。
圖5:(左)ATO治療后患者體內(nèi)癌細(xì)胞中p53靶基因的表達(dá)水平變化,與ATO處理的體外培養(yǎng)細(xì)胞的p53靶基因的表達(dá)水平變化趨勢一致,其中可見經(jīng)典p53靶基因都發(fā)生大幅上調(diào)。(右)患者治療后微小病灶殘留MRD的markers的表達(dá)水平整體上顯著下調(diào)